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精靈寶可夢 火紅
（日文︰ポケットモンスター ファイアレッド，英文︰Pokémon FireRed Version）與精靈寶可夢 葉綠
（日文︰ポケットモンスター リーフグリーン，英文︰Pokémon LeafGreen Version）是精靈寶可夢第三世代《精靈寶可夢》系列游戲。這是《紅／綠／藍》的重制版。
《火紅／葉綠》的變更
新增
新增對戰搜尋器——可以和戶外訓練家重新對戰。
新增聲音記錄器——記錄主要角色的資料。
新地點：七之島，主角可以在這里捕捉同世代的《紅寶石／藍寶石／綠寶石》很難獲得的第二世代的寶可夢。
火箭隊的劇情延伸到七之島。
在第２島可以讓最初拿到的寶可夢學習必殺技。
第２島有一間游戲城。
寶可夢培育可以在第４島上進行。
七之島的劇情結束后，四天王的隊伍會增加第二世代的寶可夢。
可以在捕獲城都地區的傳說的三圣獸雷公、炎帝或水君，但只能根據選擇的最初拿到的寶可夢而捕捉到對應的一只，分別為妙蛙種子——炎帝、小火龍——水君、杰尼龜——雷公。
變更
玩家可以選擇男或女主角。
繼承了第二世代、第三世代新增的特性、屬性、攜帶物品、招式等系統。
在進入某些地點如常青森林、地鼠洞穴時，會有一個全屏的地點繪圖顯示。
小磁怪與三合一磁怪增加第二屬性：鋼屬性。
某些第一世代寶可夢可以進化為第二世代或第三世代新增的寶可夢，例如吉利蛋可以進化為幸福蛋，但必須在滿足獲得全國圖鑒的條件下才能進行。
傳說的寶可夢閃電鳥、急凍鳥、火焰鳥擁有特殊的戰斗背景音樂；超夢擁有專屬戰斗背景音樂。
與幻之寶可夢代歐奇希斯戰斗時也有專屬的背景音樂。
日版中，男性角色對話框的字體類似標準字體；而女性角色的字體類似手寫字體。
海外版中，男性角色對話文字為藍色；女性角色對話文字為粉紅色。
所有四天王對戰時都使用道館館主的背景音樂。
無人發電廠的背景音樂改為寶可夢屋的背景音樂。
版本限定寶可夢
兼容性與聯動
NDS
《紅寶石／藍寶石／綠寶石》和《火紅／葉綠》支持在任天堂DS和NDSL運行，但是不能使用通信功能，同時可以與第四世代游戲聯動。
NDSi由于沒有GBA卡槽，所以無法運行。
與第四世代聯動
第四世代游戲可以在獲得全國圖鑒之后從第三世代的游戲中傳送寶可夢到第四世代游戲中。在游戲卡在DS插槽中時，將GBA游戲卡插入任天堂DS機器里的GBA插槽中，隨后第四世代游戲中的主角來到伙伴公園，即可從第三世代傳送寶可夢。
學會第三世代秘傳學習器招式的寶可夢不能從第三世代傳送過來。如果想要傳送，必須先尋求淺紅市招式遺忘爺爺的幫助。
NDSi沒有GBA卡槽，無法聯動。
NGC
《紅寶石／藍寶石／綠寶石》和《火紅／葉綠》支持在NGC上的外設Game Boy Player運行。
與競技場系列聯動
使用NGC TO GBA聯機線鏈接GBA與NGC之后，在圓形競技場或ＸＤ 黑暗洛奇亞中選擇連接，即可進行聯動
可以進行兩臺GBA的第三世代游戲對戰，也可以將競技場中獲得的道具和進化的寶可夢以神秘禮物形式回傳。
與寶可夢整理箱聯動
使用NGC TO GBA聯機線鏈接GBA與NGC。
保管箱
寶可夢整理箱 紅寶石＆藍寶石點選ボケモンポックスへいく后，《火紅／葉綠》人物需站在七之島第１島的寶可夢網絡中心的計算機前，直到GBA屏幕出現寶可夢整理箱 紅寶石＆藍寶石的LOGO就可以進行儲存。
細節
《火紅／葉綠》與第一世代游戲的劇情沒有牽涉傳說的寶可夢，也沒有使用傳說的寶可夢作為游戲封面。
《火紅／葉綠》使用的游戲引擎是改良過的，與之前的《紅寶石／藍寶石》有些許不同，而且由于道具列表加入了部分《火紅／葉綠》出現的新道具，《紅寶石／藍寶石》內也沒有預留數據空位。因此如果因為漏洞等原因這些道具被回傳到《紅寶石／藍寶石》的話，會導致《紅寶石／藍寶石》的存檔崩潰報廢。
之后的游戲中為了避免這個問題，因此就算當前游戲中沒有出現的前作道具，也都悉數保留在游戲數據的道具列表里。
關于為何海外版也是《火紅／葉綠》，而沒有制作水藍版，根據增田順一在2004年的部落格所稱“葉（Leaf）代表的是平和，和一種柔性的平衡，而不像水（Water）和火（Fire）一樣對立，希望表達一種沒有斗爭的環境。”，但最后說到“這只是一種希望對海外玩家做出的合理的解釋”并提到“每次決定標題都有商標注冊上的困難”，根據日本的商標注冊平臺的查詢結果，水藍（暫譯，日文︰ウォーターブルー，英文︰WATER BLUE）商標早在游戲發售前就已被明治食品株式會社注冊。[4]
《火紅／葉綠》的日版名稱沒有像原《紅／綠》一樣使用日文漢字，而是直接使用英語音譯的片假名，但是為了表示是重制游戲，標上了赤、綠字樣。
《火紅／葉綠》與第一世代游戲一樣，沒有時間系統和晝夜設定，所有游戲內可重復觸發的事件實際上是由主角行走的步數來刷新的。
所有需要晝夜作為進化條件的寶可夢（例如伊布進化為月亮伊布），這些寶可夢需要傳輸至《紅寶石／藍寶石／綠寶石》內進化。
《火紅／葉綠》中龍屬性的顏色是紅藍相間的，而在《紅寶石／藍寶石》和《綠寶石》中是紫色的。
精靈寶可夢 心金
（日文︰ポケットモンスター ハートゴールド，英文︰Pokémon HeartGold Version）與精靈寶可夢 魂銀
（日文︰ポケットモンスター ソウルシルバー，英文︰Pokémon SoulSilver Version）是《精靈寶可夢 金／銀》在任天堂DS上的重制版游戲。
和《火紅／葉綠》發生在關都地區對應，《心金／魂銀》的故事發生在城都地區，主角從若葉鎮開始冒險。雖然游戲有了很多的新特性，但主線劇情依然與《金／銀》類似，一些原來在《水晶版》獨有的要素也加入到了《心金／魂銀》中。就像《火紅／葉綠》可以與《紅寶石／藍寶石／綠寶石》連接交換，《心金／魂銀》也可以和《鉆石／珍珠／白金》連接交換，來獲得城都和關都地區不存在的寶可夢，比如草苗龜、小火焰猴與波加曼。
雖然《水晶版》已經加入了女主角，但《心金／魂銀》中女主角更換為琴音。無論玩家選擇男主角還是女主角，另一性別的主角都會作為游戲中的登場人物，就像《紅寶石／藍寶石／綠寶石》、《鉆石／珍珠／白金》一樣。
《心金／魂銀》于2009年9月12日在日本發售，2010年2月4日在韓國，3月14日在北美，3月25日在大洋洲，3月26日在歐洲發售，而比利時、荷蘭、盧森堡因報告故障推遲到2010年4月。
和之前游戲的不同
角色變化
男女主角有了新的設計，分別為響聲和琴音。
火箭隊手下有了新的設計，并有了新的4名火箭隊干部，分別為阿波羅、雅典娜、拉姆達和蘭斯。就像銀河隊干部的名字和行星相關，火箭隊干部的名字和現實世界的火箭相關。
新要素
《心金／魂銀》中可以到達的城都地區和關都地區
全部493種寶可夢都可以跟隨在主角身后，異色的特殊顏色也會得到保留，玩家可以對著寶可夢按A鍵與寶可夢交流并查看心情，在對戰中寶可夢會從身旁而非精靈球內登場。除非一些特定的情況，例如騎著自行車，或者較大體積的寶可夢進入較小的空間內。
常青市的訓練家之屋出現的會是通過兩個寶可計步通信的訓練家。
跑步鞋可以在吉花市獲得，并可在菜單中選中即可使用。登記的重要物品，也可在觸摸屏直接選擇。《心金／魂銀》中可以登記2個重要物品。
由于沒有對戰搜尋器，寶可夢齒輪的電話功能可以無限多次地請求訓練家對戰，不過可以再度對戰的訓練家以時間和星期而定。
寶可夢寄放系統、包包、同行的寶可夢的界面，以及游戲菜單的操作，可以完全使用DS的觸摸屏。
憤怒饅頭成為了重要物品。
首次和勁敵對戰時，他的名字顯示為“過路的少年”，而不再是原作中的“???”。在回到若葉鎮后，仍然需要為他起名字。
在對戰外使用潮旋，漩渦并不會像《金／銀》一樣消失，而是直接通過漩渦。
攜帶特定的基礎點數增強道具生蛋可能會遺傳寶可夢的個體值。
使用頭錘撞擊特定的樹木，依然可以遇到野生寶可夢，不過在《心金／魂銀》中，獲得全國圖鑒后還可遇到豐緣地區和神奧地區的寶可夢。
阿杏在道館中的位置變為在道館的中間。
在游戲中出現的攝影師可以為訓練家和同行的寶可夢，以及道館館主和一些名人合影，拍攝紀念照片。
空木研究所有了第二層，其中住著空木博士一家，原先的房子則住著琴音／響聲一家。
《水晶版》中淺黃市西部的對戰塔，成為了和《白金》相同的對戰開拓區。
在湛藍市西部，有了兩條新的道路，分別為４７號道路和４８號道路，通往狩獵地帶入口和埋藏之塔以及斷崖洞窟。
白銀山變得比以前更大，常青森林恢復了原貌。
華藍洞窟和雙子島保持了和《火紅／葉綠》一樣的存在，盡管夏伯依然要在雙子島挑戰，并且可以與其中的傳說的寶可夢對戰。之前在冠軍之路和燈火山出現的火焰鳥，《心金／魂銀》中出現在了白銀山。
金黃市的格斗道場與神奧地區的對決場類似，可以和道館館主再度交戰。
在若葉鎮和１４號道路出現了風力發電機。
寶可夢齒輪有了全新的設計，并可根據玩家的選擇更換界面樣式。
城都圖鑒有了略微的變化，加入了一些第四世代出現的寶可夢進化形。
可以通過電梯登上滿金收訊塔的觀景臺，把第二錄音室替換掉了。
和《火紅／葉綠》一樣，進入特定的地點會顯示過場畫面，一些地方的過場畫面會隨著時間的不同而有所不同，一些地方還會顯示在這個地點中出現的某種寶可夢。
之前的果實樹全部變為球果樹。
如《白金》，道館館主、四天王、勁敵和赤紅都有了動態的對戰圖像和引入畫面。許多道館也有了新的設計和新的謎題。
碎巖從招式學習器成為了秘傳學習器，清除濃霧不再是秘傳學習器，相應的秘傳學習器０５成為了潮旋。
攀巖和《鉆石／珍珠／白金》一樣為秘傳學習器０８，并且需要常青道館的綠色徽章才可以在對戰外使用。同樣一些洞窟和懸崖可以通過攀登到達。
主角可以在３２號道路以及滿金市看到磁浮列車的軌道。
玩家可以看到自己所擁有的關都徽章，在《金／銀》之中只能看到城都的徽章。
在對戰外觀察寶可夢的能力值時，會有藍色標記因性格影響降低的能力值，紅色標記增加的能力值。
和寶可表的標記地圖功能類似，主角可以從寶可夢齒輪的地圖處得知游走寶可夢位置。
在《心金／魂銀》中可以通過飛翔到達寶可夢聯盟大門，并且從接待處或石英高原飛向關都或城都的任何一處。有趣的是，在２６號道路可以飛向城都地區，而在更西邊的２７號道路卻只能飛向關都地區。另外，在《火紅／葉綠》中可以飛翔的４號道路與１０號道路的寶可夢中心，在《心金／魂銀》中并不能通過飛翔到達。
部分寶可夢能學會新的招式，比如波克比可以通過遺傳學會神通力。
劇情變化
在兩個版本中都可以遇到鳳王HG與洛奇亞SS，并且只有在與鳳王／洛奇亞對戰后才可以參加寶可夢聯盟。這點和《紅寶石／藍寶石／綠寶石》、《鉆石／珍珠／白金》類似。在原作中，并不需要和鳳王或洛奇亞對戰。
圓朱舞場的5名舞姬在游戲中多次登場，并會尋求主角的幫助。在從空木博士那里得到大師球之后，每位舞姬會和主角對戰，對戰之后，她們會前往鈴鐺塔
HG／漩渦列島SS，通過跳舞來分別召喚出鳳王或洛奇亞。在《金／銀》中，主角需要在圓朱舞場和5名舞姬對戰并獲得秘傳學習器０３（沖浪）。在《心金／魂銀》中，則是和一位闖進圓朱舞場的火箭隊手下交戰來獲得。
虹色之羽和銀色之羽只能使主角分別進入鈴鐺塔和漩渦列島，只有在獲得透明鈴鐺或海聲鈴鐺之后才能分別使舞姬召喚出鳳王與洛奇亞。但由于《心金》中無法獲得海聲鈴鐺，《魂銀》中無法獲得透明鈴鐺。在登入名人堂后分別與洛奇亞HG／鳳王SS對戰并不需要鈴鐺道具。
與《金／銀》不同的是，在完成某些特定任務之后才可以繼續游戲，比如獲得寶可夢齒輪的收訊卡之后才可以挑戰小茜。
將官方活動贈送的皮卡丘色皮丘帶到桐樹林祠堂可以發生事件，出現刺刺耳皮丘。
其它地區的傳說的寶可夢，包括豐緣地區的蓋歐卡HG／固拉多SS可以在《心金／魂銀》中獲得。在將固拉多和蓋歐卡傳入同一個游戲中帶給大木博士后，還可以獲得烈空坐。在和大吾交談后，拉帝亞斯HG／拉帝歐斯SS就會在關都地區游走。火焰鳥、急凍鳥、閃電鳥可以在關都的特定地點遇到，超夢則會出現在華藍洞窟。
在和阿爾宙斯有關的事件中會有竹蘭登場。把阿爾宙斯帶到阿露福遺跡，接著可以進入神都遺跡，并獲得等級為1的帝牙盧卡、帕路奇亞或騎拉帝納。由于白金寶珠不能帶到寶可夢上連接交換，所以這是在《心金／魂銀》中獲得白金寶珠及起源形態騎拉帝納的唯一方式。
謎之水晶是和無限船票類似的道具，可以獲得另一只拉帝歐斯HG／拉帝亞斯SS。
將命中注定般的相遇的謝米帶到滿金市的花店，可以獲得葛拉西蒂亞花。
《心金／魂銀》中的樹果，可以用碎片和桔梗市和淺紅市的魔術師交換得到，在寶可計步器中得到，隱藏在地面，或者媽媽幫忙購買之后送到友好商店。由于一些樹果并不能直接得到，所以需要像《火紅／葉綠》中一樣從其它版本交換。雖然樹果不能像在豐緣和神奧一樣在地面生長，但可以通過樹果種植盆使樹果生長，并用杰尼龜噴壺來澆水。
打敗赤紅后，關都和豐緣的最初拿到的寶可夢可以分別從大木博士和大吾處獲得。
活動事件限定的時拉比可以使原火箭隊老大坂木出現。
在獲得16個徽章之后，可以獲得ＧＢ播放器，以切換背景音樂的風格，新的音樂例如４７號道路和４８號道路的音樂，也有了GB風格的版本。一些GB風格的音樂，比如GAME FREAK的標題畫面曲，可以通過寶可夢齒輪的廣播功能收聽。
和《水晶版》類似，雷公、炎帝、水君依然會從燒焦塔離開，并且之后雷公和炎帝會在城都游走，水君則會在城都和關都多個地點出現，最終在２５號道路，而非鈴鐺塔相遇。
新系統
和《火紅／葉綠》附送GBA無線通訊器類似，《心金／魂銀》會附送精靈球形狀的寶可計步器，可以和游戲連接，并在其中存放一只寶可夢。帶著寶可計步在走路的途中可以給寶可夢增加經驗值和親密度。一些寶可夢可以在寶可計步中收服并傳入游戲中。
在滿金市西北方有了新的競技項目——寶可夢全能競技賽。
伙伴公園位于原先淺紅市的狩獵地帶所在地。
音樂和音效變化
游戲音樂進行了重新編曲，以適應DS平臺。在游戲中可以得到ＧＢ播放器以切換至《金／銀》的音樂風格。
游戲中大量使用音效，例如水流聲，風吹聲，和主角走到草叢中的聲效。
圓朱市和湛藍市原先有相同的主題音樂，現在使用了這個主題音樂的不同重制版本。
關都的一些音樂有略作改變，月見山和雙子島分別變為了與互連洞和冰雪通路相同的音樂。華藍市、淺紅市、紅蓮島及２４號道路，不再使用與深灰市、玉虹市、金黃市、３號道路相同的音樂，轉而回到《紅／綠／藍／皮卡丘》和《火紅／葉綠》中使用的音樂。然而２號道路的音樂與任何前作均不相同；在《金／銀／水晶版》中使用的常青森林音樂的重制版，在《紅／綠／藍／皮卡丘》和《火紅／葉綠》中則是１號道路的音樂，在《心金／魂銀》中則使用了３號道路的音樂。
洛奇亞和鳳王有了各自的對戰音樂，雷公、炎帝、水君則使用在《水晶版》中的對戰音樂的重制版本。
寶可夢
和《金／銀》一樣，在《心金／魂銀》主要出現的寶可夢依然是城都和關都地區的寶可夢。由于第二世代之后的許多改進，城都圖鑒增加了通過學習招式而進化成為寶可夢，一共達到256種。這一點和《火紅／葉綠》的關都圖鑒不包含親密度進化的寶可夢不同。
和《鉆石／珍珠／白金》類似，《心金／魂銀》在打敗四天王并登入名人堂后可以獲得全國圖鑒，遇到城都圖鑒以外的寶可夢。豐緣和神奧的寶可夢可以用多種方式獲得，例如大量出現，使用寶可夢齒輪播放特定地區的音樂，每周三為豐緣音樂、每周四為神奧音樂。捕蟲大賽在星期四和星期六也會出現豐緣和神奧的寶可夢。而狩獵地帶和寶可計步器在特定條件下也會出現不同地區的寶可夢。
關都和豐緣的最初拿到的寶可夢也可以分別從大木博士和大吾那里得到。一些原作中不包含的傳說的寶可夢，比如急凍鳥、火焰鳥、閃電鳥和超夢，也可以在《心金／魂銀》獲得。
雖然《心金／魂銀》是《金／銀》的重制，但除了版本限定的寶可夢和特定的道路以外，野生寶可夢的分布數據更類似《水晶版》。
和所有的精靈寶可夢主系列游戲一樣，《心金》和《魂銀》都存在各自限定的，不能在另一版本獲得的寶可夢，列表如下：
另外烈空坐比較特殊，需要雙版本同時捕獲固拉多和蓋歐卡取得朱紅色寶珠和靛藍色寶珠之后獲得草綠色寶珠才可捕獲。
若在游戲擁有謎之水晶，則可以捕獲拉帝歐斯HG／拉帝亞斯SS。
兼容性與聯動
3DS
3DS可以直接運行《心金／魂銀》。
與第三世代聯動
可以在獲得全國圖鑒之后從第三世代游戲中傳送寶可夢到《心金／魂銀》中。在游戲卡在DS插槽中時，將GBA游戲卡插入任天堂DS機器里的GBA插槽中，隨后來到位于淺紅市的伙伴公園，即可從第三世代傳送寶可夢。
學會第三世代秘傳學習器招式的寶可夢不能從第三世代傳送過來。如果想要傳送，必須先尋求淺紅市招式遺忘爺爺的幫助。
NDSi沒有GBA卡槽，無法聯動。
與第五世代聯動
因為第四世代與第五世代同在DS上的特殊情況，兩個世代游戲間的聯動采用了神奇傳送的方式。
第五世代游戲進入傳送工廠。之后在另一臺DS上使用Download Play模式下載傳送工廠的特別程序。
下載了特別程序的DS插入第四世代游戲卡，就會自動識別寶可夢，之后可以進行選擇和傳輸，不過無法回傳。
與寶可夢對戰革命聯動
在寶可夢對戰革命中選擇對應的聯動功能之后，進入搜索界面，第四世代游戲的主菜單會自動出現Wii的選項，選擇后即可與Wii連接。
可以復制神奇寶貝進行戰斗，可以進行兩臺DS的第四世代游戲對戰，也可以將對戰革命中獲得的道具和寶可夢以神秘禮物形式回傳。
與精靈寶可夢保育員系列聯動
在巡護員完成“W任務”、巴特那吉或光的軌跡完成下載任務之后，可以將瑪納霏的蛋以神秘禮物形式回傳。
與寶可計步器同步
在《心金／魂銀》的開始菜單內有“與計步器同步”的選項，進入后選擇一只需要同步至寶可計步器的寶可夢，之后將寶可計步器放置于正對游戲卡的地方即可傳輸。
細節
在《皮卡丘》發售相隔11年以后，《心金／魂銀》為第二款可以讓寶可夢跟隨在主角身后的作品。跟隨在身后的寶可夢可以阻擋NPC的移動。
《心金／魂銀》的日版名稱沒有像原《金／銀》一樣使用日文漢字，而是直接使用英語音譯的片假名，但是也和《火紅／葉綠》一樣，標上了金、銀字樣。
和《火紅／葉綠》對比《紅寶石／藍寶石／綠寶石》的訓練家形象完全重新設計的情況不一樣，《心金／魂銀》中一些訓練家類型依然是沿用了《鉆石／珍珠／白金》的形象。
在《心金／魂銀》的對戰開拓區內是《鉆石／珍珠／白金》的形象，但在其他地方為《心金／魂銀》的形象。
《心金／魂銀》是首個在日文版發售之前，就在海外公布的寶可夢游戲。
《心金／魂銀》是首個主要登場人物會與主角交換寶可夢的版本，包括道館館主小剛、馬志士、阿蜜和豐緣地區前冠軍大吾。
《心金／魂銀》也是首個游戲內交換允許使用任何寶可夢的版本，阿蜜會用她的大鋼蛇與任何寶可夢交換。
《心金／魂銀》是首個帶有反侵權機制的游戲版本。
和《火紅／葉綠》的開始音樂和《紅／綠》相似不同，《心金／魂銀》制作了全新的開始音樂，與《金／銀》不同，不過音樂中也包含了原作音樂的一些片段元素。
《心金／魂銀》是首個片尾包含道館館主、四天王和邪惡組織成員的游戲。
《心金／魂銀》是首個在加拿大同時以英語和法語發售的精靈寶可夢游戲。
在日文版的《金／銀》中，小小象和頓甲限定于《金》，熊寶寶和圈圈熊限定于《銀》；在海外版本中恰恰相反，熊寶寶和圈圈熊限定于《金》，小小象和頓甲限定于《銀》。而在《心金／魂銀》的各語言版本中，均為小小象和頓甲限定于《心金》，熊寶寶和圈圈熊限定于《魂銀》。
精靈寶可夢 歐米伽紅寶石
（日文︰ポケットモンスター オメガルビー，英文︰Pokémon Omega Ruby）和精靈寶可夢 阿爾法藍寶石
（日文︰ポケットモンスター アルファサファイア，英文︰Pokémon Alpha Sapphire）是《紅寶石／藍寶石》在任天堂3DS的重制版游戲。
本作在2014年5月7日于精靈寶可夢官方網站首次公開，對應的游戲平臺為任天堂3DS，于2014年11月21日在全球部分地區同步發售，包括日本、北美、澳大利亞、臺灣、香港和韓國*，玩家能以零售或在任天堂eShop下載的方式來獲得。
和《紅寶石／藍寶石》的不同
寶可夢
能夠超級進化的寶可夢數量增加，增加可以超級進化的寶可夢有：蜥蜴王、巨沼怪、勾魂眼、巨金怪、蒂安希、七夕青鳥、暴飛龍、長耳兔、差不多娃娃、呆殼獸、噴火駝、巨牙鯊、艾路雷朵、烈空坐、大針蜂、大比鳥、大鋼蛇和冰鬼護。
拉帝亞斯和拉帝歐斯的超級石擁有了獲得方式。
固拉多和蓋歐卡可以攜帶寶珠進行原始回歸，形態轉換為原始固拉多和原始蓋歐卡。
胡帕擁有新形態——解放胡帕。
豐緣圖鑒新增了艾路雷朵、大朝北鼻、黑夜魔靈、鈴鐺響、超甲狂犀、雪妖女、含羞苞、羅絲雷朵和自爆磁怪共9只第四世代寶可夢插入原編號中。
尾部心型部分是黑色的特殊皮卡丘可以換裝為換裝皮卡丘，5種形態分別對應了寶可夢華麗大賽Live！的5種組別。包括了偶像皮卡丘、博士皮卡丘、面罩摔角手皮卡丘、貴婦皮卡丘、硬搖滾皮卡丘。
在第一輪游戲結束后，小田卷博士會再送出城都地區、合眾地區和神奧地區的最初拿到的寶可夢，是歷代版本中送出最多初學者寶可夢的版本。
第一輪游戲后期可以遇見很多豐緣圖鑒中不存在的寶可夢，包括部分傳說的寶可夢。
新故事
在原有的版本中，游戲內容之間經過的路程被簡化，在劇情后會自動前往目標地點，而不需要玩家自行前往。
主角在登入名人堂后，會進入EpisodeΔ劇情，主角能在EpisodeΔ中收服代歐奇希斯。
祐樹和小遙可以獲得超級手鐲。
開場畫面使用了從寶可夢多功能導航器上的原有版本畫面過渡到重制版本的畫面，背景音樂也隨畫面過渡到新版本。
熔巖隊和海洋隊成員都有了新的形象。
大吾在歐米伽紅寶石／阿爾法藍寶石中不僅擔任冠軍，而且他會尋找超級進化的秘密。
主角能在EpisodeΔ可以挑戰米可利在《綠寶石》的冠軍隊伍。
四天王芙蓉會在登入名人堂前使用黑夜魔靈，四天王波妮會在登入名人堂前使用雪妖女以及１１７號道路的寶可夢培育家郁惠會使用含羞苞。而滿充的雄性拉魯拉絲不再進化為沙奈朵，而是進化為艾路雷朵，且可以進行超級進化。
第一輪游戲完成后的動畫變為了主角在豐緣地區完成游戲劇情的照片片段，同時會出現當時同行的寶可夢中首只寶可夢。
與ＡＺ的戰斗類似，在第一輪游戲最后增加一場與祐樹或小遙（視選擇主角而定）的戰斗。
要素變化
主角可以通過飛翔前往城市之外的地點。
主角騎自行車可以進入高草叢。
主角可以同時擁有兩臺自行車。
游戲中，可以改變背景音樂的功能。
各個城市出現大量與卡洛斯地區有關的內容，如風野自行車店的自行車全部變為卡洛斯進口，紫堇市與密阿雷市成為友好城市，并出現卡洛斯的旅游信息等。
水靜美術館內出現部分第四世代的傳說的寶可夢的畫像。紫堇市二樓住宅區的其中一間房間出現棱鏡塔和精練之塔的相片。
玩家不需要通過活動贈送道具才能前往南方孤島，而是成為劇情必經之地。
紫堇市由露天城市變為了一座回字形二層建筑。增加了寶可夢里程中心、紫堇美食廣場、獎章店、反轉屋等地點。
對戰名勝區替換了《紅寶石／藍寶石》中的對戰塔。
棄船被替換為海紫堇。
紫堇市的游戲城歇業了。
水靜市的寶可夢中心旁增加了一名回憶少女。
主角如果將一只寶可夢從《紅寶石／藍寶石／綠寶石》跨世代傳送到《歐米伽紅寶石／阿爾法藍寶石》中，將傳送的寶可夢放在首位，主角能在靜水民宿內獲得一張時光旅行證明書。
天旱焦巖的樓層擴充，覺醒祠堂劇情結束后，主角能在此處遇見席多藍恩。
新系統
寶可夢華麗大賽變更為寶可夢華麗大賽Live！，琉琪亞作為寶可夢華麗大賽Live！的偶像登場。
時間系統根據第四世代之后的設定增加了晝夜設定。
秘密基地變更為超級秘密基地，并增加了秘密小島、秘密海濱和秘密花圃3個創建秘密基地的新區域位于游戲中。且增加了基利作為秘密基地專家登場。
無限寶可夢的超級進化形態可以進入翱翔天空，使主角在全豐緣地區上空飛行，尋找天空中的裂縫以及其中部分島嶼，能遇見由胡帕傳送而來的第二世代、第四世代及第五世代的傳說中的寶可夢。主角能夠前往的島嶼包括原始森林、無名平原、未知洞窟、朦朧洞窟、歪曲洞穴、弓形之島。
寶可夢導航器變更為寶可夢多功能導航器，擁有圖鑒領航、地圖領航、電視領航、游戲領航4個功能。
主角能與訓練家進行群聚對戰。
寶可夢
版本限定寶可夢
若擁有無限船票，則可以捕獲拉帝亞斯ΩR或拉帝歐斯αS。
因為洛奇亞及鳳王是版本限定，在連接對戰時選擇對戰背景音樂，《歐米伽紅寶石》不能選擇音樂13（洛奇亞專屬戰斗背景音樂），《阿爾法藍寶石》不能選擇音樂12（鳳王專屬戰斗背景音樂）。
雖然西海和東海無殼海兔和海兔獸是版本限定，但是《阿爾法藍寶石》中卻能通過東海的雄性無殼海兔和海兔獸與百變怪生蛋獲得西海的無殼海兔。
兼容性與聯動
與寶可夢全球連接聯動
《歐米伽紅寶石／阿爾法藍寶石》支持寶可夢全球連接*，一個賬號可以綁定《歐米伽紅寶石／阿爾法藍寶石》游戲各一個。
《歐米伽紅寶石／阿爾法藍寶石》的寶可夢全球連接主要的內容是寶可夢英里俱樂部。
與寶可夢虛擬銀行聯動
2014年11月19日，寶可夢虛擬銀行升級v1.2以支持《歐米伽紅寶石／阿爾法藍寶石》。插入《歐米伽紅寶石／阿爾法藍寶石》游戲卡，或者游戲主機內存在下載制品版的《歐米伽紅寶石／阿爾法藍寶石》時，進入寶可夢虛擬銀行，可以在寶可夢虛擬銀行服務器上存儲寶可夢，總量是3000只。
寶可夢虛擬銀行服務需要付費。
與第五世代聯動
通過寶可夢虛擬銀行與寶可夢運輸裝置，可以將第五世代的寶可夢轉存至寶可夢虛擬銀行的服務器中，再由第六世代游戲取得。
細節
該作的其他常用譯名是終結紅寶石／初始藍寶石版。
《歐米伽紅寶石／阿爾法藍寶石》的名稱中的“Alpha”與“Omega”分別為希臘字母中的第一個和最后一個字母，兩字母放在一起含有“起始與終末”之意，此象征源于新約圣經啟示錄第一章第八節的經典名句。
本作在日本的發售時間與上一款重制作品《心金／魂銀》的發售時間隔了五年，而《心金／魂銀》在日本的發售時間與上一款重制作品《火紅／葉綠》恰好也是間隔五年。
《歐米伽紅寶石／阿爾法藍寶石》日版的發行時間與《紅寶石／藍寶石》同為11月21日，相差了12年。
著名游戲網站IGN對本作的評分為7.8/10，是目前歷代作品中最低的，而減分理由是秘傳學習器和水域太多。
《歐米伽紅寶石／阿爾法藍寶石》是系列中第一款可以在通關之前升級為全國圖鑒的版本，也是在某些戰斗開始前就切換到戰斗背景音樂的版本。
和《Ｘ／Ｙ》一樣，《歐米伽紅寶石／阿爾法藍寶石》大部分對戰外場景沒有3D效果，但是劇情動畫和一部分場景有3D效果。
《歐米伽紅寶石／阿爾法藍寶石》調低了遇見野生寶可夢的概率，調高了烈空坐的捕獲率。
11月30日消息，日前，騰訊手游加速器與中國聯通合作推出了一款“游戲加速寶”，月費15元，提供無限時加速服務，并支持定向流量減免。
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2、使用“騰訊手游加速器”APP，選擇想加速的游戲，一鍵開啟加速即可。
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通過騰訊手游加速器啟動的游戲，除了享受聯通4G手游“專車道”加速以外，還能對于使用騰訊手游加速器產生的流量進行定向流量減免。
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